棉花枯萎病菌以菌絲體、分生砲子和厚垣抱子在棉子、病殘體（包括棉子殼、餅）、土壤和 未腐熟的土雜肥中越冬，成為翌年的初侵染源，其中帶菌土壤尤為重要。棉子短絨帶菌率高于種 殼和種胚帶菌率。此外，田間其他感病寄主也可成為初侵染源。
病菌存活能力很強，在棉子內、外部的病菌一般可分別存活8個月和5個月左右。在田間, 病菌主要分布在土表20cm內的耕作層中，分布最深者可達60cm以上。在土表及7cm深的土層 中，病稈內的病菌可存活18個月。病殘體分解后，其中的病菌仍能在土壤中存活6?7a,而厚 垣砲子甚至可存活長達15a之久。
病菌主要靠流水、農事操作及地下害蟲的活動在田間傳播蔓延。施用未腐熟的帶菌糞肥也能 傳病。病菌可通過帶菌種子、棉子殼和棉子餅的調運作遠距離傳播。
病菌存活能力很強，在棉子內、外部的病菌一般可分別存活8個月和5個月左右。在田間, 病菌主要分布在土表20cm內的耕作層中，分布最深者可達60cm以上。在土表及7cm深的土層 中，病稈內的病菌可存活18個月。病殘體分解后，其中的病菌仍能在土壤中存活6?7a,而厚 垣砲子甚至可存活長達15a之久。
病菌主要靠流水、農事操作及地下害蟲的活動在田間傳播蔓延。施用未腐熟的帶菌糞肥也能 傳病。病菌可通過帶菌種子、棉子殼和棉子餅的調運作遠距離傳播。
病菌主要從根梢及土壤線蟲等造成的傷口侵入，從傷口侵入者，致病率更高。病菌侵入后, 菌絲先在表皮組織和內皮層擴展，進入維管束中軸，并經由初生根侵入次生根，最后進入導管組 織。在導管內，菌絲向上縱向擴展，經導管壁的孔紋橫向擴展，并在導管內產生小型分生抱子。 小型分生弛子隨著液流到達上方導管，進一步擴展到枝、葉和種子。病土及病株的根、莖、葉和 種子又成為翌年的初侵染源（如圖）。
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