病菌菌絲具有分隔和分枝,初期無色,后變褐色。分生孢子梗從病組織的氣孔或表皮成簇生出,很少單生,不分枝,一般有2?4個隔膜,基部較粗,頂部較細,分生弛子脫落后,梗頂部成曲折狀。分生孢子無色或淡褐色,洋梨形或倒棍棒形,頂端鈍尖,基部鈍圓,有腳胞,成熟后常具2個隔膜。多數砲子萌發時從頂部或基部細胞萌發伸出芽管,芽管頂端形成球形或卵圓形、褐色、厚壁且光滑的附著胞,然后長出侵染絲,侵入寄主組織。

病菌可產生五種毒素,即稻瘟菌素(piricularin)、6-卩比咲梭酸(picolinicacid)、細交鏈孢菌酮酸(tenuazonicacid)、稻瘟醇(piricculol)及香豆素(coumarin),這些毒素抑制稻株呼吸和生長發育。將提取的稻瘟菌素、6-毗嚏梭酸、細交鏈孢菌酮酸的稀釋液分別滴在葉片的機械傷口上,置適宜溫度下均可致葉片呈現與稻瘟病相似的病斑。
稻瘟病菌對不同品種水稻的致病性具有明顯的?;?,據此區分為不同的生理小種群和生理小種。我國稻瘟病菌生理小種的鑒別寄主為特特勃(Tetep)、珍龍13、四豐-43、東農363、關東51、合江18和麗江新團黑谷7個品種。目前長江流域雙季釉粳混栽區小種組成較為復雜,粧稻品種上以ZB、ZC群小種為主,粳稻上以ZF、ZG群小種居多。全國已鑒定出8群85個中國小種,ZG小種為優勢種群。
在自然情況下,稻瘟病菌除侵染水稻外,還可侵染壯羊茅、枇殼草、馬唐等。人工接種時還可侵染多種禾本科植物。來自不同禾本科植物上的梨孢菌也可侵染水稻。