病菌主要隨病殘體在土壤中越冬，亦可以抱子附在種子表面，或以菌絲體或細菌菌體潛伏于 種子內部越冬。有些病菌可在土壤中營腐生生活，曲霉病菌和軟腐病菌等還廣泛存在于空氣中。 翌春棉花播種發芽時，主要在種子上越冬的炭疽病菌和角斑病菌等可直接引致棉苗發病，其病部 產生的分生砲子和細菌借風雨和昆蟲等傳播，經多次再侵染，于鈴期侵染棉鈴,而曲 霉病菌和軟腐病菌等產生的砲子可經氣流等傳播直接侵染棉鈴，引起爛鈴。條件適宜時，病鈴上 的病菌通過多種途徑再侵染，導致病鈴數量不斷增加，病情加重。
病菌的侵入方式可分為兩類：侵染力較強的棉炭疽病菌、疫病菌、莖枯病菌和黑果病菌等可 從棉鈴苞葉和角質層直接侵入引起發??；侵染力較弱的紅腐病菌、紅粉病菌、曲霉病菌和軟腐病 菌等常從傷口、鈴尖裂口、鈴殼縫隙、蟲孔或從先期直接侵入的病菌引起的病斑處侵入，從而導 致多種病害并引發更為嚴重的爛鈴。
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