玉米莖基腐病屬于土傳病害。禾谷鐮抱以菌絲和分生孢子，腐霉以卵孢子在病株殘體組織內外、土壤中存活越冬，成為第二年的主要侵染源。種子可攜帶輪狀鐮弛分生孢子。帶有鐮抱的植株殘體翌年春季產生子囊殼，條件適合時釋放出子囊孢子，借氣流傳播進行初次侵染。種子帶菌也是田間初侵染來源。分生孢子和菌絲體借風雨、灌溉、機械和昆蟲進行傳播，在溫暖潮濕條件下進行再侵染。
圖-玉米鐮泡莖基腐病病害循環
病菌自傷口或直接侵入根莖、中胚軸和根，使根腐爛。前期侵染的病菌可以潛伏在病根組織內，待玉米進入散粉期——灌漿期，潛伏的病菌進入莖基髓部，并逐漸向地上莖基部各節擴展。
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