1. 農業防治 管好肥水，既可促進稻株健康生長，又能有效地控制紋枯病的危害程度，是防病的關鍵措施之一。根據水稻的生長特點，合理排灌，以水控病，貫徹“前淺、中曬、后濕潤”的用水原則，既要避免長期深灌，也要防止曬田過度。另外，要注意氮、磷、鉀等肥料的合理搭配施用，有條件的地方應以農家肥為主，化學氮肥應早施，切忌水稻生長中、后期大量施用氮肥。
2. 化學防治 根據病情發展情況，及時施藥，控制病害擴展，過遲或過早施藥防治效果均不理想。一般水稻分藥末期叢發病率達15%,或拔節到孕穗期叢發病率達20%的田塊，需要用藥防治。前期（分藥末期）施藥可殺死氣生菌絲，控制病害的水平擴展；后期（孕穗期至抽穗期）施藥可抑制菌核的形成和控制病害的垂直擴展，保護稻株頂部功能葉不受侵染。每公頃噴施40?60mg/L的井岡霉素藥液1100kg。其他有效藥劑有多菌靈、甲基硫菌靈、菌核凈等。
4. 生物防治 利用頡放微生物防治紋枯病是一個很有前途的發展方向。近年來，先后發現了一些對水稻紋枯病菌有頡放作用的真菌和細菌。頡頑真菌有青霉屬、鐮泡屬及木霉屬的一些種；頡放細菌有假單胞菌屬和芽抱桿菌屬的一些種及其近似種等。但這些頡傾微生物用于紋枯病的生物防治目前尚處于試驗階段。
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